有以下几种方法查询。
1、自助终端机查询
为方便持证人掌握签注的使用情况，内地公安机关出入境管理部门在出境大厅安装了自助查询终端机。持用电子往来港澳通行证的旅客只需将证件置于终端平台上，即可方便快捷地详细掌握自己的签注使用情况和签注剩余次数，并可为持证人打印提示条。
2、口岸自助咨询台
港澳地区主管部门将在其总部及部分口岸(主要是海港码头口岸)设置自助咨询台，为持证人本人提供查询签注信息服务。相关资料通过计算机屏幕供持证人阅读，不提供打印的提示条。
3、出入境管理部门查询
可通过在各省市的出入境管理部门，携带通行证向大厅工作人员查询。
4、微信电子查询
可以通过关注该省市出入境微信公众号查询的。例如广东居民可在微信卡包-电子港澳通行证中即可查看港澳签注剩余次数，避免用户忘记签注已经用完的情况发生。
港澳通行证的有效期是3年，这意味着在获得港澳通行证之后的三年内，可以多次往返港澳地区。
此外，港澳通行证上标注的有效期指的是准予持有者入境港澳地区的有效期限，与旅行期间的停留期限无关。若想知道港澳通行证当前的有效期，可以参考港澳通行证上的“有效期至”字段，它指的是港澳通行证的有效期限截止日期。
另外，港澳通行证也有特殊的有效期，如果有需要，申请人可以选择一次性有效期1年、2年、5年或10年的港澳通行证。
在港澳通行证有效期限内，持证人可以随时前往中国公安机关办理签注手续。不过需要注意的是，签注到香港的时间有限制，根据香港政府规定，持港澳通行证的中国内地居民，只能每次在香港停留七天。而前往澳门则没有时间限制，可以根据个人需要灵活签注。因此建议持证人需要提前规划好行程，并在有效期内预留出办理签注的时间，以便在出行前完成签注手续。