福建船政职业技术学院的宿舍条件在北区相对较好。北区宿舍有四人一寝和六人一寝的选择，提供热水、空调、阳台和独立卫生间。此外，北区食堂也较多，且交院核心位于北区，主校区最核心的区域也在北区。相比之下，南区宿舍条件相对较差，由于住的人较多，宿舍空间拥挤，没有热水和电风扇。南区食堂整体上比北区更好吃，但只有新建的四栋楼提供独立浴室和卫生间，其他宿舍需要共用浴室和卫生间。

综上所述，福建船政职业技术学院的北区宿舍在住宿条件和地理位置上相对占优。然而，南区在食堂方面表现更好。因此，具体选择哪个校区宿舍最好还需根据个人需求和预算来决定。