蓝猫眼睛之所以会变色，是因为小幼猫的眼睛上都有一层蓝膜，长大之后这层蓝膜就逐渐的消失了。

　　首先，虹膜色素沉淀和蓝光反射决定了猫科动物的眼睛颜色。

　　虹膜的色素沉淀是由黑色素导致的，并且颜色排列从柠檬黄到淡褐色到深橙色或是棕色。另外 “透明的”眼睛结构(晶状体――认为是这个)也象一块玻璃一样反射外来的光线。

如果从正面看，玻璃是没有颜色的，但是慢慢移动角度，会看到它呈绿色或是蓝色。同样的，猫科动物眼睛的透明结构也呈透明的蓝色，深浅排列从无色到很深的蓝色或象紫罗蓝那种蓝色。这种蓝色光线反射的颜色组和加上虹膜色素沉淀所产生的颜色构成了猫所有的眼睛颜色。

　　虹膜色素沉淀和透明结构色素都是由染色体上不同位置的多个多基因控制的。同窝的小猫从父母那里混合地继承了这些多基因并且产生了不同的眼睛颜色。不同的多基因混合导至颜色深浅的排列。